Географическое расположение муниципального образования:
Район расположен в южной части Вологодской области, граничит на севере с Кирилловским районом, на западе и юге с Череповецким районом, на востоке с Вологодским районом. С севера на юг пересекается Шекснинским и Рыбинским водохранилищем (Волго-Балтийский водный путь).
Районным центром Шекснинского муниципального района является поселок городского типа Шексна. Он находится на расстоянии 83 км от областного центра Вологды и связан с ней шоссейной и железной дорогами. Через поселок проходят: автомобильная дорога федерального значения Вологда — Новая Ладога, водный путь (река Шексна) — Волго-Балтийский водный путь, железнодорожные пути — Северная железная дорога (станции Шексна, Чебсара, Шеломово).
Площадь муниципального образования: 2,5 тыс. кв. км; территория — 252 807 га.
Население — 35,6 тыс. человек. Половина населения района трудоспособного возраста, 2/3 из них работают в производственной сфере, остальные в сфере обслуживания.
Природные ресурсы и природоохранные зоны:
Территория района относится к влажной лесной зоне с умеренно-континентальным климатом. По условиям влагообеспеченности растений территория района относится к зоне избыточного увлажнения с влажным основным периодом вегетации. Ветры в районе непостоянны по направлению, однако, в основном преобладают ветры западных направлений.
Климатические условия территории района вполне благоприятны для возделывания озимой ржи, овса, ячменя, яровой пшеницы, льна-долгунца, картофеля, корнеплодов, клевера красного, вики яровой, а также для получения высоких урожаев лугопастбищных трав.
Природоохранные зоны: водоохранные зоны рек, озер, ручьев и прибрежные полосы; клюквенные болота; глухариные тока; скважины питьевого назначения; леса, выполняющие защитные и прибрежные полосы; памятники археологии (поселения). Всего площадь особоохраняемых территорий — 2193 га.